Η ασφάλεια των εγκαταστάσεων, των εργαζομένων, των συνεργατών και των επισκεπτών αποτελεί βασική προτεραιότητα για τον Εμπορικό Λιμένα «Φίλιππος Β’». Ο λιμένας εφαρμόζει σύγχρονες διαδικασίες ασφαλείας και επιχειρησιακού ελέγχου, με στόχο την προστασία των λιμενικών δραστηριοτήτων και τη διατήρηση ενός ασφαλούς και αξιόπιστου περιβάλλοντος λειτουργίας.
Παράλληλα, ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην προστασία του περιβάλλοντος και στην υιοθέτηση πρακτικών βιώσιμης ανάπτυξης. Μέσα από την εφαρμογή περιβαλλοντικών πολιτικών και διαδικασιών συμμόρφωσης με τα διεθνή πρότυπα, ο λιμένας επιδιώκει τη μείωση του περιβαλλοντικού αποτυπώματος των δραστηριοτήτων του και την ενίσχυση μιας υπεύθυνης και σύγχρονης λιμενικής λειτουργίας.
Το λιμάνι έχει αναπτύξει Σχέδιο αντιμετώπισης περιστατικού θαλάσσιας ρύπανσης και διαθέτει τον προβλεπόμενο εξοπλισμό και εκπαιδεύει ετησίως το προσωπικό και τους συνεργάτες του, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία.
To λιμάνι διαθέτει Σχέδιο διαχείρισης αποβλήτων και έχει συνάψει συμβάσεις συνεργασίας για την αποκομιδή των υγρών και στερεών αποβλήτων των πλοίων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία.
Το λιμάνι λειτουργεί σε επίπεδο ασφάλειας ISPS 1.